U skladu sa Odlukom o osnivanju Zavoda za kulturu vojvođanskih Slovaka i u skladu sa Statutom Zavoda, Organi Zavoda su: Direktor, Upravni odbor i Nadzorni odbor.
Direktor rukovodi Zavodom. Direktora imenuje i razrešava Izvršno veće na predlog Nacionalnog saveta slovačke nacionalne manjine na period od četiri godine, sa mogućnošću ponovnog imenovanja. Direktor može biti lice, koje pored opštih uslova propisanih zakonom, ima najmanje visoko obrazovanje društvenog smera i najmanje pet godina radnog iskustva u oblasti kulture i umetnosti. Lice koje je imenovano za direktora, a ne bude ponovo imenovano, ima pravo da radi na radnom mestu u Zavodu koje odgovara njegovoj stručnoj spremi.
U skaldu sa članom 20. Statuta, direktor:
U skladu sa članom 21. Statuta Zavoda, Upravni odbor ima predsednika i osam članova. Predsednika i članove Upravnog odbora imenuje i razrešava Izvršno veće na predlog Nacionalnog saveta. Predlog na imenovanje predsednika i članova Upravnog odbora sadrži najmanje za trećinu veći broj kandidata od broja članova Upravnog odbora koji se imenuje. Mandat predsednika i članova Upravnog odbora je četiri godine, sa mogućnošću ponovnog imenovanja.
Upravni odbor:
Saglasnost na Statut, Finansijski plan i Završni račun daje Izvršno veće AP Vojvodine.
Nadzorni odbor ima predsednika i dva člana. Predsednika i članove Nadzornog odbora imenuje i razrešava Izvršno veće na predlog Nacionalnog saveta. Predlog na imenovanje predsednika i članova Nadzornog odbora sadrži najmanje za trećinu veći broj kandidata od broja članova Nadzornog odbora koji se imenuje. Mandat predsednika i članova Nadzornog odbora je četiri godine, sa mogućnošću ponovnog imenovanja.
U skladu sa članom 24. Statuta Zavoda, Nadzorni odbor vrši nadzor nad zakonitošću rada Zavoda, pregleda Završni račun i izveštaje o poslovanju i utvrđuje da li je sačinjen u skladu sa propisima, i obavlja i druge poslove utvrđene zakonom i Statutom.