Ján Kvačala sa narodil v Báčskom Petrovci v učiteľskej rodine. Rodičia pochádzali však zo Slovenska; otec z Beckova a matka z rodiny Godrovcov. Terézia Godrová bola dcéra Jozefa Godru, rodáka z Bohuníc, ktorý od roku 1830 pôsobil 42 rokov ako učiteľ a kantor – levita v slovenskom evanjelickom a. v. cirkevnom zbore v Laliti. Bol bratom Samuela Godru, evanjelického farára v Stredných Plachtinciach a Michala Godru, profesora na nižšom evanjelickom cirkevnom gymnáziu v Novom Vrbase, známzch spisovateľov a národných dejateľoch.
Po ľudových školách v rodnom Petrovci študoval na Gymnáziu v Sarvaši. Svoje zážitky s tohto obdobia opísal neskôr v článku Z gymnázia na vysoké školy.
Po maturite začal v septembri 1880 študovať na Teologickej akadémii v Bratislave, pričom filologické štúdia absolvoval na Kráľovskej akadémii. Šesťsemestrálne teologické štúdium ukončil filozofickou úvahou, publikovanou v maďarčine . V teologických štúdiách pokračoval potom od roku 1883 v Lipsku. V čase jeho štúdií sa stal účastníkom slávnosti 400. výročie narodenia Martina Lutera, čo inšpirovalo k ich opísaniu, po slovensky a po maďarsky. Po ukončení štyroch semestrov a na základe dizertácie na tému, ktorá ho potom sprevádzala prakticky celý život, Über J. Comenius Philosophie, insbesondere dessen Physik dosiahol doktorát z filozofie. Od mladosti sa Kvačala neprofiloval ako úzko špecializovaný vedec a dokazoval to už počas svojich štúdií v Sasku. Z tohto obdobia je publikovaná jeho cestopisná črta Niekoľko slov o Lužických Srboch.
Ako evanjelický teológ prof. Kvačala počas svojho života postupne prechádzal od polemiky s katolíkmi do výmeny názorov s českými kritickými realistami a nakoniec so slovenskými liberálmi (Prúdy). Pre svoje povahové vlastnosti sa zvlášť po návrate na Slovensko dostával často do kontroverzie s okolím. Aj pri rozhodovaní o jeho pedagogickom pôsobení na Univerzite Komenského v Bratislave nerozhodovali iba politické príčiny, ale on sám napokon ponuku odmietol z osobných dôvodov. Žil sám a ako sám hovoril, jeho jediná láska sa stála rehoľníčkou.
Kvačala bol uznávaným odborníkom v oblasti histórie pedagogiky a naslovovzatým znalcom dejín európskej reformácie. Bol skutočným Európanom. Písal a hovoril viacerými jazykmi. Publikoval veľa, najmä však v zahraničí. Na Slovensku bol známy najmä v evanjelickom prostredí, ale je pravdou, že v podstate ostal do smrti nedocenený. Keď profesor Ján Kvačala 9. júna 1934 počas svojej študijnej cesty vo Viedne zomrel, slovenská verejnosť si ani neuvedomila túto stratu. Na jeho pohrebe bol evanjelicky cintorín v Bratislave svedkom rozlúčky s európskym vedcom. Medzi niekoľkými desiatkami trúchliacich boli traja evanjelickí biskupi, rektor UK v Bratislave a dekan Teologickej vysokej školy s viacerými profesormi, ale aj poľský konzul a zástupcovia univerzít z Varšavy a z Rigy.
Dielo Jána Kvačalu:
Vedľa svojich odborných predmetov, latinčine, gréčtine, maďarčine, nemčine, vyučoval v Bratislave aj slovenčinu. Pedagogická prax zrejme spôsobila, že téma jeho dizertačnej práce sa stala iba prvým ohnivkom vo veľkej reťazi spisov, úvah a článkov venovaných J. A. Komenskému. Cenným prínosom bolo už to, že zostavil bibliografiu novšej literatúry o Komenskom a publikoval ju česky, nemecky a maďarsky. Počas svojho vtedajšieho bratislavského pôsobenia v ďalších prácach skúmal vzťahy Komenského k významným osobnostiam, ako bol filozof F. Bacon, Rákociovci a vizionár Mikuláš Drábik. Ku Komenskému sa často vo svojej vedeckej tvorbe vracal. Možno povedať, že bol najvýznamnejším slovenským komeniológom. Napísal Drobnosti o rodisku a mladosti Komenského a k 300. výročiu jeho narodenia v Evangelikus egyház és iskola príspevok Comenius a informoval o založení medzinárodnej spoločnosti Comenius. V roku spomenutého jubilea (1892) napísal svoju najväčšiu prácu o Komenskom "Johann Amos Comenius, sein Leben und seine Schriften", ktorá sa stretla s pozitívnym ohlasom. Toto dielo je medzníkom v bádaní o Komenskom. V nemčine je aj jeho práca D. J. Jablonsky und Grosspolen zostavená z dodatkov ku Komenského korešpondencii. Edícia Komenského korešpondencie vychádzala vo viacerých zväzkoch v rokoch 1897 – 1901. V roku 1897 začal vydávať dokumenty o J. A. Komenskom. Prvý zväzok bol zostavený z korešpondencie. V tom istom roku mal v Petrohrade prednášku Komenský a Rousseau – dvaja horlivci v histórii výchovy, ktorá vyšla nemecky, česky a slovensky. V Monumenta Germaniae Paed. (zv. 26, 44 s. a zv. 32, 395 s.) publikoval svoju prácu, ktorá mala pôvodne názov: Die paedagogische Reform des Comenius in Deutschland bis zum Ausgange des XVII. Jahrhunderts. Aj počas svojho pôsobenia v Rusku pokračoval vo vydávaní prameňov ku Komenskému. V Aktoch jurjevskej univerzity mu v roku 1909 vyšli Analecta Comeniana (178 s.) V roku 1910 sa začal projekt vydávania zobraných spisov Komenského a všetkých prameňov týkajúcich sa tohto obdobia. Kvačala sa stal hlavným redaktorom a prispievateľom do tejto edície. Zo súborných spisov vyšlo v rokoch 1910 - 1920 v slovenčine 13 zošitov.